系统集成项目管理工程师属于软考，软考属于专业技术资格水平考试，按照个税6项专项附加扣除标准，在取得软考证书的当年，可以按照3600元定额扣除。但是《个人所得税专项附加扣除暂行办法》由2019年开始实施，因此需要为2019年开始发放的证书才可以。
根据国务院印发的《个人所得税专项附加扣除暂行办法》，第三章继续教育包含三条，具体内容如下：
第八条 纳税人在中国境内接受学历（学位）继续教育的支出，在学历（学位）教育期间按照每月400元定额扣除。同一学历（学位）继续教育的扣除期限不能超过48个月。纳税人接受技能人员职业资格继续教育、专业技术人员职业资格继续教育的支出，在取得相关证书的当年，按照3600元定额扣除。
第九条 个人接受本科及以下学历（学位）继续教育，符合本办法规定扣除条件的，可以选择由其父母扣除，也可以选择由本人扣除。
第十条 纳税人接受技能人员职业资格继续教育、专业技术人员职业资格继续教育的，应当留存相关证书等资料备查。